Um die Grabstätten weiterer Mitglieder der mächtigen Medici, namentlich z.B. Cosimo I. de’ Medici, Großherzog der Toskana, aufzunehmen, wurde im 17. Jahrhundert die Fürstenkapelle errichtet. Die Ausführung übernahmen die damaligen Stararchitekten Matteo Nigetti und Bernardo Buontalenti. Das achteckige Gewölbe ist mit 1828 von Benvenuti hinzugefügten Fresken mit biblischen Szenen verziert.