Hayao Miyazaki, einer der Gründer des Studios und Direktor des Museums wollte für sich selbst ein anderes Konzept als das eines traditionellen, stickigen Museums verfolgen. Wie er in einem Blogeintrag, der die Ziele des Ghibli-Museums beschreibt, sagt, sollte das Museum nicht nur für Fans geeignet sein oder nur Werke aus den existierenden Filmen präsentieren. Auch neue Projekte und speziell für das Museum entwickelte Kurzfilme sollten ihren Platz haben. Ziel war, zu erreichen, dass Gäste durch die Ausstellung selbst verstehen, was die KünstlerInnen ausdrücken wollen. In der Ausstellung finden sich die Geräte, mit denen die Animationen gefilmt wurden, eine Nachbildung eines Zeichenstudios, Kunst und Konzeptbücher aus dem Entstehungsprozess der Filme sowie Nachbildungen mancher Filmsettings in Lebensgröße. Es gibt außerdem ein kleines Kino, das die oben erwähnten, speziell für das Museum geschaffenen Kurzfilme zeigt.
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