La fonction des pierres est l'un des plus grands mystères du site, avec des théories allant du raisonnable au farfelu. Une partie des hypothèses vient de l'alignement des pierres, orienté vers le coucher du soleil au solstice d'hiver et le lever du soleil au solstice d'été. Cela a conduit à penser que le site avait une importance astronomique, astrologique ou religieuse pour ceux qui l'ont construit. Les fouilles ont révélé de nombreuses sépultures sur le site, dont une proportion plus élevée que prévu présente des signes de maladie ou de déformation ; certains chercheurs y voient donc un lieu de guérison, comparable aux lieux de pèlerinage apparus plus tard en Europe. Les sépultures montrent aussi que des personnes parcouraient des distances extrêmement longues, depuis la Méditerranée, la France et l'Allemagne, jusqu'à Stonehenge. Les pierres sont aussi au cœur de plusieurs mythes, de la croyance populaire selon laquelle le diable aurait apporté la Heel Stone à Stonehenge depuis l'Irlande à la légende arthurienne selon laquelle le magicien Merlin aurait dressé les pierres. Au XXe siècle, les pierres ont pris une importance croissante pour les adeptes du néopaganisme et de la spiritualité New Age, même si l'on ignore quelles pratiques religieuses étaient suivies à l'origine à Stonehenge. English Heritage permet aux visiteurs d'entrer dans le cercle de pierres lors des solstices d'été et d'hiver et des équinoxes de printemps et d'automne, en partie pour faciliter les pratiques religieuses.
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