Antica Rithymna e primi strati
La zona era abitata molto prima che esistesse il centro storico da cartolina. I reperti indicano una presenza umana successiva all'età minoica e l'antica Rithymna fiorì tra il IV e il III secolo a.C.; sul colle di Paleokastro, la successiva Fortezza sorge dove si trovavano l'acropoli e un santuario di Artemide. Così il panorama dalla fortezza acquista un'eco più profonda.
Potere veneziano e Fortezza
Dopo il passaggio di Creta sotto il controllo veneziano nel 1211, il porto di Rethymno divenne un importante snodo mercantile. La città si ampliò, fu rifortificata nel 1540 e nel 1571 venne incendiata dalle forze di Ouloutz-Ali. La risposta fu la Fortezza, costruita tra il 1573 e il 1580 come fortificazione stellata d'altura, con porte, bastioni, cisterne, caserme e ampie viste sul mare.
Il riuso ottomano del centro
Rethymno passò all'Impero ottomano nel 1646 e molti edifici cambiarono funzione invece di scomparire. La chiesa di Saint Nicolo dentro la Fortezza divenne la moschea di Sultan Ibraim Han, la Loggia servì anch'essa come moschea e la Moschea Neratze lascia ancora leggere gli strati della città.
Creta moderna dentro mura antiche
La storia più recente conta altrettanto per l'atmosfera. Le forze russe occuparono Rethymno dopo il 1897 e lasciarono la città nel 1907, Creta si unì alla Grecia nel 1913 e lo scambio di popolazioni trasformò la città nel 1924. Oggi studenti, visitatori estivi, festival, musei e vita di taverna impediscono al centro storico di sembrare immobile.