A resposta é complicada! Vários arquitetos acabaram por influenciar a construção da basílica ao longo dos 120 anos de obras. O projeto começou com Donato Bramante, que ganhou um concurso para desenhar a nova basílica e propôs basear a planta numa enorme cruz grega, coroada por uma cúpula majestosa semelhante à do Panteão. Bramante foi substituído em 1513 por um trio formado por Giuliano da Sangallo, Fra Giocondo e Rafael, embora os dois primeiros tenham morrido em 1515, deixando a Rafael a maior parte do trabalho até à sua morte em 1520. O seu sucessor, Baldassare Peruzzi, manteve a estrutura interna das absides, mas regressou em grande parte ao plano de cruz grega, eliminando as naves previstas por Rafael. Antonio da Sangallo, o Jovem, propôs depois um plano que combinava elementos das ideias de Peruzzi, Rafael e Bramante, garantindo também o reforço de alguns elementos arquitetónicos internos que já tinham começado a rachar. Michelangelo assumiu o projeto em 1547, a contragosto e por insistência do papa Paulo, e é-lhe atribuído o mérito de ter levado o desenho ao ponto em que podia ser executado com sucesso. A nave e a fachada foram desenhadas por Carlo Maderno, que também acrescentou a nave. Gian Lorenzo Bernini desenhou o Baldaquino, o pavilhão que cobre o altar central, e adaptou os pilares originais de Bramante, transformando-os em nichos com escadas que levam a varandas. Essas varandas guardavam as quatro relíquias mais preciosas do Vaticano: a lança que trespassou o lado de Cristo, o véu de Verónica, um fragmento da Vera Cruz e uma relíquia de Santo André, irmão de São Pedro. Também desenhou o monumento que guarda a cátedra de São Pedro, que se estava a tornar demasiado frágil para ser usada.
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