Od końca III tysiąclecia p.n.e. miejsce zyskiwało na znaczeniu, gdy wokół niego rozwijały się królestwa, o czym świadczą istniejące już wtedy kompleksy pałacowe. Trzęsienie ziemi zniszczyło prawie wszystkie pałace na Krecie między 1750 a 1700 rokiem p.n.e., ale później odbudowano je jeszcze bardziej okazale. Pałac w Knossos był używany co najmniej do 1370 roku p.n.e. Według historyków po inwazji mykeńskiej w XIV wieku p.n.e. kultura minojska upadła, Knossos zostało zniszczone i opuszczone. Dopiero około 1000 roku p.n.e. miasto zasiedlono ponownie.
Greckie i rzymskie Knossos z późniejszych stuleci znajduje się z kolei w pobliżu ruin pałacu, ale do dziś odkopano tylko jego niewielką część.
Odkrycie Knossos
Kreteński kupiec i archeolog amator Minos Kalokairinos jako pierwszy odsłonił części stanowiska w 1878 roku. Systematyczne wykopaliska rozpoczął w 1900 roku angielski etnolog Arthur Evans i trwały one do 1914 roku. W tym czasie odkryto ponad 20 000 m² stanowiska. Rekonstrukcje pałacu, które możesz oglądać do dziś, pochodzą od Evansa, choć krytykowano go za to, że opierał odbudowę na estetyce ówczesnych budynków i opisach ze starożytnych tekstów, zamiast interpretować znalezione pozostałości. Dokładne przeznaczenie stanowiska nadal jest przedmiotem spekulacji: niektórzy archeolodzy uważają, że była to stolica lub centrum administracyjne, inni twierdzą, że nekropolia albo miejsce święte.
Labirynt Minotaura
Zgodnie z tradycją Minotaur był mityczną, żywiącą się ludźmi hybrydą byka i człowieka, stworzoną przez brak szacunku, jaki Minos okazał bogu morza Posejdonowi. Minos kazał zbudować dla tej istoty mityczny labirynt, w którym pozostała uwięziona. Po tym, jak Minos pokonał Ateńczyków, musieli oni co dziewięć lat oddawać mu w daninie siedem dziewic i młodzieńców, których składał w ofierze Minotaurowi. Dopiero książę Tezeusz, z pomocą zakochanej w nim córki Minosa, Ariadny, zdołał położyć kres tej daninie. Pokonał Minotaura i uciekł na Naksos z Ariadną oraz zakładnikami. Położenie labiryntu nadal pozostaje owiane tajemnicą, choć według legend znajduje się albo pod kompleksem pałacowym w Knossos, albo w jaskini oddalonej o około 3 godziny drogi.