Kr. e. 3. évezred végétől a helyszín nagyobb jelentőségre tett szert, ahogy királyságok fejlődtek körülötte; erre utalnak a már akkor létező palotakomplexumok. Egy földrengés Kr. e. 1750 és 1700 között szinte az összes krétai palotát elpusztította, később azonban még díszesebben építették újjá őket. A Knósszoszi palotát legalább Kr. e. 1370-ig használták. A történészek szerint a Kr. e. 14. századi mükénéi invázió után a minószi kultúra elpusztult, Knósszoszt lerombolták és elhagyták. Csak Kr. e. 1000 körül népesült be újra a város.
A későbbi évszázadok görög és római Knósszosza a palotaromok közelében fekszik, de máig csak kis részét tárták fel.
Knósszosz felfedezése
A krétai kereskedő és amatőr régész Minos Kalokairinos 1878-ban tárta fel először a lelőhely egyes részeit. A rendszeres ásatások 1900-ban kezdődtek az angol etnológus Arthur Evans vezetésével, és 1914-ig tartottak. Ez idő alatt több mint 20 000 m² területet tártak fel. A palota ma is látható rekonstrukciói Evans munkájához köthetők, bár kritizálták amiatt, hogy a rekonstrukciót a korabeli épületek esztétikájára és ókori szövegek leírásaira alapozta, nem pedig az általa megtalált maradványok értelmezésére. A helyszín pontos használata továbbra is találgatások tárgya: egyes régészek fővárosnak vagy közigazgatási központnak tartják, mások nekropolisznak vagy szent helynek.
A Minótaurosz labirintusa
A hagyomány szerint a Minótaurosz mitikus, emberevő, félig bika, félig ember lény volt, amely Minósz tiszteletlensége miatt jött létre, miután megsértette a tenger istenét, Poszeidónt. Minósz mitikus labirintust építtetett ennek a lénynek, és az ott maradt bezárva. Miután Minósz legyőzte az athéniakat, azoknak minden kilencedik évben hét szüzet és ifjút kellett neki adóként átadniuk, akiket feláldozott a Minótaurosznak. Csak Thészeusz herceg vetett véget ennek az adónak Ariadné, Minósz belé szerelmes lánya segítségével. Legyőzte a Minótauroszt, majd Ariadnéval és a túszokkal Naxoszra menekült. A labirintus helyét ma is rejtély övezi, bár a legendák szerint vagy Knósszosz palotakomplexuma alatt, vagy egy körülbelül 3 órányira lévő barlangban található.