El acceso en tren más sencillo es directamente desde
Tokyo Skytree Station, o con unos 5 minutos a pie desde
Oshiage (Skytree-mae) Station, en las líneas Hanzomon, Asakusa y Keisei. Desde la zona de
Asakusa, es solo una parada en la
Tobu Skytree Line, por eso el acuario combina tan bien con
Senso-ji y
santuario Asakusa. Si vas en coche, usa los estacionamientos de
Tokyo Skytree Town; no hay estacionamiento exclusivo del acuario.