Od konce 3. tisíciletí př. n. l. získávalo místo na významu, protože se kolem něj rozvíjela království, jak naznačují palácové komplexy, které tu existovaly už tehdy. Zemětřesení mezi lety 1750 a 1700 př. n. l. zničilo téměř všechny paláce na Krétě, později však byly obnoveny ještě velkolepěji. Palác v Knóssu se používal nejméně do roku 1370 př. n. l. Podle historiků po mykénské invazi ve 14. století př. n. l. mínojská kultura zanikla, Knóssos byl zničen a opuštěn. Až kolem roku 1000 př. n. l. bylo město znovu osídleno.
Řecký a římský Knóssos z pozdějších století leží poblíž palácových ruin, ale dodnes byla odkryta jen jeho malá část.
Objevení Knóssu
Krétský obchodník a amatérský archeolog Minos Kalokairinos jako první odkryl části naleziště v roce 1878. Systematické vykopávky začaly v roce 1900 pod vedením anglického etnologa Arthura Evanse a trvaly do roku 1914. Během této doby bylo odkryto více než 20 000 m² areálu. Rekonstrukce paláce, které můžeš vidět dodnes, pocházejí od Evanse, i když byl kritizován za to, že podobu obnoveného paláce opíral spíše o estetiku budov své doby a popisy ze starověkých textů než o interpretaci nalezených pozůstatků. Přesné využití naleziště je stále předmětem spekulací: někteří archeologové se domnívají, že šlo o hlavní město nebo správní centrum, jiní tvrdí, že to byla nekropole nebo posvátné místo.
Labyrint Minotaura
Podle tradice byl Minotaurus mýtická lidožravá bytost, napůl býk a napůl člověk, která vznikla kvůli neúctě, již Mínós projevil bohu moře Poseidónovi. Mínós pro tuto bytost nechal postavit bájný labyrint, v němž zůstala uvězněna. Poté, co Mínós porazil Athéňany, museli mu každých devět let odevzdávat sedm panen a mladíků jako daň, které obětoval Minotaurovi. Teprve princ Théseus s pomocí Ariadny, dcery Mínóa, která se do něj zamilovala, dokázal této praxi učinit konec. Porazil Minotaura a uprchl s Ariadnou i rukojmími na Naxos. Poloha labyrintu zůstává zahalena tajemstvím, podle legend však leží buď pod palácovým komplexem v Knóssu, nebo v jeskyni vzdálené asi 3 hodiny cesty.